O ecossistema do Pantanal é muito diversificado, abrigando uma grande quantidade de animais, que vivem em perfeito equilíbrio ecológico. Podemos encontrar, principalmente, as seguintes espécies: jacarés, capivaras, peixes (dourado, pintado, curimbatá, pacu), ariranhas, onça-pintada, macaco-prego,veado-campeiro, lobo-guará, cervo-do-pantanal, tatu, bicho-preguiça, tamanduá, lagartos, cágados, jabutis, cobras (jibóia e sucuri) e pássaros (tucanos, jaburus, garças, papagaios, araras, emas, gaviões). Além destes citados, que são os mais conhecidos, vivem no Pantanal muitas outras espécies de animais.
A fauna do Pantanal é riquíssima em aves, mamíferos, peixes e insetos, algumas espécies estão na lista de extinção como a ariranha, a arara azul e o jabuti do cerrado e outras são raras. Entretanto algumas como a capivara e o jacaré possuem uma grande população.
A fauna do Pantanal é uma das mais ricas do planeta, tanto em variedade como em quantidade e a vegetação pouco densa do Pantanal acaba por beneficiar o visitante humano mais ainda em facilitar a visualização de toda esta vida selvagem.
A extraordinária biodiversidade do Pantanal inclui em torno de 660 espécies de aves, 100 espécies de mamíferos, 160 espécies de répteis, 40 espécies de anfíbios, mais de 260 espécies de peixes e números incalculáveis de espécies de insetos entre os quais se conhecem mais de 1.000 diferentes borboletas.
O Pantanal é um dos últimos refúgios para um grande número de mamíferos que outrora eram encontrados em abundância espalhados por toda a América de Sul, como a Onça Pintada, a Onça Parda, a Jaguatirica, o Lobo Guará, a Anta, o Tamanduá, a Ariranha, a Capivara, o Cervo e muitos outros.
Porém, por mais rico que seja o Pantanal em termos de mamíferos, quando falamos em aves entramos em outras dimensões. Para ornitólogos, o Pantanal se revela um verdadeiro paraíso onde grandes quantidades de pássaros das mais variadas espécies marcam a sua constante presença. A partir dos primeiros raios de luz no horizonte o Pantanal se enche de cantos dos pássaros, dos mais harmoniosos e afinados de uns aos gritos roucos de outros. Todos os tamanhos de aves são abundantemente representados no Pantanal, do minúsculo Beija-flor ao gigantesco e majestoso Tuiuiú, a ave símbolo do Pantanal.
Com mais de 200 espécies representadas, também os répteis e anfíbios garantem encontros constantes com os visitantes do Pantanal. Principalmente os Jacarés caraterizam as paisagens pantaneiras, tanto na água como fora dela. A mítica Sucuri, embora menos abundante que o Jacaré, se encontra com frequência nas margens dos rios e corichos e os mais atentos entre nós poderão descobrir as belas iguanas, camufladas e misturando-se com a folhagem das árvores.
Os peixes são representados por mais de 260 espécies, mas o que impressiona mais do que isso são as quantidades deles. Graças às inundações no Pantanal, as águas são ricas em nutrientes além de oferecerem condições extremamente favoráveis para a reprodução dos peixes. Não é de estranhar que eles formam a base alimentar para grande parte dos animais do Pantanal.
Outra fonte de alimento para enormes quantidades de animais são os insetos, representados por uma variedade inimaginável de espécies e na sua maioria pouco estudadas pela ciência ou simplesmente desconhecidas. Embora não tão visíveis quanto os pássaros, os insetos também se manifestam, principalmente a noite, com concertos da mais alta qualidade e em dueto com as rãs e os sapos. De dia, as mais de mil espécies de borboletas garantem a sua presença e no fim da época de cheia não é raro encontrar milhares deles num só olhar.
Independentemente do seu motivo para uma visita, seja científico, por algum interesse específico ou por simples amor à natureza, o Pantanal é sem dúvida um dos mais belos e privilegiados lugares do planeta para a observação da vida selvagem!
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